蛋白質(zhì)是駝乳的重要營(yíng)養物質(zhì)，在駝乳的干物質(zhì)中的含量為3.55%-4.47%，包括酪蛋白和乳清蛋白，其次是一些含氮的非蛋白類(lèi)物質(zhì)，如自由氨基酸（牛磺酸）、核苷酸、B族維生素以及合成這些物質(zhì)的前體物質(zhì)，如乳清酸。

乳蛋白的消化吸收率一般為97%-98%，屬完全蛋白。駝乳中含有人體必需的8種氨基酸，比例適當，且高于牛乳中的氨基酸含量。蛋白質(zhì)能提供給機體營(yíng)養，執行保護功能，負責機械運輸，控制代謝過(guò)程，輸送氧氣，防御病毒的侵襲，傳遞遺傳信息。

駝乳中不含或含少量的β-LG球狀蛋白，這種蛋白不易被人體消化，是人體對牛乳的過(guò)敏源，因此對于牛乳過(guò)敏者，駝乳也許是一種很好的替代品。另外，駝乳中富含保護性蛋白，這可以用來(lái)解釋為什么駱駝乳在炎熱的氣候和沒(méi)有低溫貯藏的條件下，可以保存天不變質(zhì)；也可以為在一些國家將駱駝乳用來(lái)治療胃潰瘍和腹瀉及輔助治療肝病等傳染性疾病提供理論依據。